O Brasil nasceu como uma expansão civilizatória de Portugal na América. Era o tempo da cristandade, de união entre Igreja e Estado, cujo ideal era ter apenas um rei, uma fé e uma lei. Os monarcas eram sagrados nas catedrais, jurando defender a religião e a nação, e aplicar as leis. As terras recém-descobertas no caminho para as Índias foram partilhadas pelos reis ibéricos com o apoio da Igreja Católica. A colonização visava expandir simultaneamente a fé e os reinos católicos.
No tempo de Anchieta, a civilização luso-brasileira era apenas uma franja litorânea na rota comercial das índias, com povoações recentes, comércio de pau-brasil e engenhos de açúcar, que atraíam fazendeiros e a cobiça de piratas. A população indígena era estimada entre dois milhões e meio a quatro milhões e meio de habitantes, com centenas de etnias e línguas. As longas distâncias do território demoravam meses para serem percorridas, por mar ou por terra, em condições muito precárias. A penetração no interior só era possível com a aliança dos indígenas que conheciam as rotas.
A Coroa portuguesa cobrava os impostos que se destinavam à Igreja, decidia sobre a criação de dioceses e paróquias, e aprovava as residências e as missões das ordens religiosas. No Brasil, foi criado o Bispado de Salvador. Os jesuítas tiveram uma rápida expansão, atendendo a índios e colonos com escolas, aldeias, capelas e residências. Em 1581, cerca de 70 jesuítas controlavam 140 estabelecimentos missionários. Outros 40 haviam morrido, atacados por piratas nas proximidades das Ilhas Canárias. Nessa mesma época se deu a união entre as coroas ibéricas, favorecendo a vinda de franciscanos, beneditinos e carmelitas ao Brasil.
Um dos grandes desafios missionários era a incorporação dos indígenas à Igreja. Os jesuítas toleravam a sua nudez, realizavam confissões por meio de intérpretes e incorporavam à liturgia cantos e danças dos índios. Isso causou fortes conflitos entre o primeiro bispo brasileiro, dom Pero Fernandes Sardinha, e o primeiro superior jesuíta no Brasil, padre Manuel da Nóbrega.
